A cavallo di due vallette carsiche, allora ricche di vegetazione e antri naturali, la Civita in seguito risentì della crescita demografica con conseguente insediamento della popolazione in altri siti fuori dalle mura.
Così man mano le due vallette carsiche sottostanti alla Civita si popolarono e diedero vita ai caratteristici rioni chiamati Sassi, case grotte scavate nella roccia.
Nel VI sec. Matera fu invasa dai Goti e successivamente, nel 664 entrò a far parte del ducato longobardo fronteggiandosi per più secoli con i territori Bizantini circostanti. Per effetto delle numerose invasioni, in soli 130 anni, dall'867 al 994 u distrutta e ricostruita tre volte. Infatti nel 938 subì il saccheggio del Saraceni e nel 1043 con la Nomina di Guglielmo Braccio di Ferro a Conte di Matera e delle Puglie occupata dai Normanni.
Dal VIII al XIII secolo d.C, per la sua particolare natura e conformazione del suolo e dell'altopiano murgico materano diventa luogo dell'espansione di insediamenti monastici nelle antiche case/grotte (chiese rupestri, cenobi, conventi). In agro di Matera se ne contano oltre 130, alcune esclusivamente ipogee, altre con la parte scavata integrata con una costruzione all'esterno, a testimonianza di civiltà monastiche e greco/bizantine che in Matera segnarono un importante punto di confluenza.
Molti di questi ipogei conservano ancora oggi affreschi di grande pregio artistico, frutto di un'arte religiosa che trovò la propria forza nel misticismo dei monaci romiti. A cavallo dei sec. XII e XIII Matera passa sotto il controllo degli Angioini, durante la quale, la città sarà governata dalle più importanti famiglie di feudatari meridionali: gli Orsini del Balzo, i Sanseverino.
In seguito Matera passò sotto l'influenza degli Aragonesi i quali vendettero la città al conte Giancarlo Tramontano, che, esasperando i materani con esosi balzelli, fu da questi trucidato nel 1514, lasciato incompiuto il castello che stava edificando. Nel 1663 Matera, già annessa alla Terra d'Otranto, fu scelta come sede della Regia Udienza di Basilicata, di cui rimase capitale fino al 1806.
La città ha poi seguito le vicende storiche dell'Italia meridionale fino all'unità d'Italia.
Negli anni '50, con una legge speciale, fu ordinato per ragioni igienico-sanitarie lo svuotamento dei rioni. Un'altra legge, la n.771 del 1986, sta producendo i suoi sforzi per salvare dal degrado questa eccezionale e originale struttura urbanistica, che oggi fa parte a pieno titolo della Lista dell'Unesco quali beni culturali ritenuti di importanza fondamentale per tutta l'umanità.